La estructura del municipio de Mutiloa es similar a la de los pequeños núcleos rurales de Guipúzcoa.

El casco del pueblo está formado por poco más de una veintena de casas en torno al ayuntamiento, la iglesia parroquial y la plaza del pueblo. Este núcleo agrupa a menos del 20% de la población del municipio.

Dominando el casco del pueblo se encuentra el barrio de Liernia (Lierni) formado por varios caseríos agrupados en torno a la ermita del mismo nombre. Esta modesta agrupación de casas es el único núcleo de cierta entidad existente en el municipio al margen del casco del pueblo. Aquí vive otro 10% de la población del municipio. En este barrio hay dos restaurantes.

El resto de la población (70%) vive diseminada por el término municipal en algo más de una cincuentena de caseríos. Las agrupaciones más o menos dispersas de caseríos forman los siguiente barrios:

Elbarrena: en la zona más baja del municipio. Son una veintena de caseríos situados de Mutiloa hacia Segura en la vega del arroyo Mutiloa.
Ergoena: son una quincena de caseríos en la zona más alta del municipio. En la parte alta de la cuenca del arroyo Troya.
Gerriko.
Lenkaran: una quincena larga de caseríos entre Ergoena y el casco de Mutiloa.
Murgiondo Aldea: son 4 caseríos situados de Mutiloa hacia el vecino pueblo de Ceráin, siguiendo el arroyo del mismo nombre.
Urbizuaran: son 5 caseríos situados cerca de Lierni.